2 из 2х. Бинго
Для начала попробуйте самую последнюю версию - https://github.com/rathena/FluxCP
Но из за flux - навряд ли. Если пишет что "загружено хоть сколько карт (в вашем случае 0)", то файл получает и обрабатывает. Если в корне сайта НЕ создается папка upload_npc, то косяк скорее всего в старой версии php или отсутствии класса ZipArchive. Если создается, то тут я уже слабо представляю почему может не работать.
А по поводу map_cache - файл не обрабатывается должным образом (защита от различных атак, и всей фигни - так как доступ только у админа, не вижу в этом особого смысла) и тянется сразу из временной директории. А на винде скорее всего временные дириктории для файлов отличаются, но как - не знаю.
Вечером попробую на виртуалке потестить - отпишусь, а заодно добавлю подробные логи, чтобы избежать в дальнейшем неизвестных ошибок